农业农村部环境保护科研监测所成立于1979年，是我国从事农业农村环境保护科学研究和监测的专业机构，1997年划归中国农科院，2002年获批为非营利性科研机构。重点围绕农田污染防治、农业环境监测与预警、生态循环农业和乡村生态环境治理四大学科领域的基础性、战略性、关键性、应急性重大科技问题开展研究工作。全所现有6个职能部门、4个研究中心（包括9个创新团队）、2个支撑部门、1个所办企业。