胶原蛋白的纯化工艺应根据表达系统和应用需求选择。若在构建时设计了标签，可采用亲和层析进行高效纯化；若无标签，则可根据胶原蛋白与杂蛋白的电荷、疏水性及分子大小等差异，选择离子交换层析、疏水层析、凝胶过滤层析等方式，或通过复合模式层析进一步提高纯度。这些方法可灵活调整，以满足不同的应用和纯度需求。

亲和层析是一种基于特异性结合的分离方法，常用于重组胶原蛋白的初步纯化。通过在表达的胶原蛋白中插入标签，如His标签，对目标蛋白进行特异性结合捕获。

Ni²⁺对His标签具有特异性亲和，可以使用博格隆Ni Bestarose FF或Ni Bestarose HP等已鳌合金属离子的亲和填料进行捕获，通常一步可达到80%以上的纯度，杂质去除效果好。随后，再使用分子筛进行精纯以及浓缩换液，得到胶原蛋白原液。