生（青）木瓜的籽未成熟是白色的，成熟木瓜的籽是黑褐色的。一般人购买木瓜，都是吃肉弃籽。在日常生活中，极少有直接利用木瓜籽的。可以说，木瓜籽不能吃。

木瓜籽有它的多种用途，可以入药，并可加工成化妆品。另外，木瓜籽含有木瓜酵素会让鲜肉软化，但市场上已经有经过提炼的“嫩肉粉”出售，使用起来比用木瓜籽方便得多。

在切木瓜的时候，通常里面的黑色的籽有苦味，大家都是顺手往垃圾桶一丢。其实这些黑色的籽有很大的妙用。把籽取出，然后在腌牛肉的时候，将牛肉平放，腌入酱汁里，然后上面铺一层木瓜籽，这样就把牛肉、酱汁、木瓜籽一起腌到入味，此时木瓜籽里天然的木瓜酵素就会发挥让牛肉软化的作用。腌好后，将牛肉取出，轻轻拨掉上面的木瓜籽，切记不要再将牛肉洗过，因为木瓜籽是干净没有污染又稍带甜味的，此时就可准备用牛肉做出好吃的料理了。