南瓜的花、叶、种子及果实都有特殊的药效。除了能去热、止泻、去炎、促进母乳分泌之外，还能去除体内多余的水份，有特殊的利尿作用。
其中的种子部分常被利用做为治百日咳的妙药。感觉喉咙疼痛时，把冰糖加入干燥后的南瓜籽中一起煎煮饮用，可以解除疼痛。