农药使用后，残存的农药主要在农副产品和环境中，其危害也就在这两方面。

(1)对农副产品的危害 大多数农药按照推荐的剂量、施用方法和时间、使用次数，农副产品中农药残留量不会超过国家规定的标准，即不会产生危害性。但是事实上农药残留量超过标准(即允许的量)仍时有发生，其原因：①未按规定施药，造成农药过量残留；②农药残留量为农药原体及其有毒代谢物和杂质的总残留量，如普通六六六中含杂质乙体六六六、2，4，5一涕中剧毒杂质二恶英、滴滴涕代谢物滴滴依、杀虫脒代谢物4一氯邻甲苯胺等，所以残留的时间很长；③残留农药可以通过食物链富集到农畜产品中，例如滴滴涕、六六六我国早在1983年就停止生产和使用，而过去残留在环境中极微量的滴滴涕和六六六，至今通过食物链富集到畜禽体内，如部分畜禽产品(兔、肉、蛋)中。

(2)对环境的危害 喷洒的农药除部分落到作物或杂草上，大部分是落入田土中或漂移落至施药区以外的土壤或水域中；土壤杀虫剂、杀菌剂或除草剂直接施于土壤中。这些残留在土壤中的农药，虽不会直接引起人畜中毒，但它是农药的贮存库和污染源，可以被作物根系吸收，可逸失大气中，可被雨水或灌溉水带入河流或渗入地下水。涕灭威、克百威、莠去津、甲草胺、乐果等在水中溶解度较大的农药，更易被雨水淋溶而污染地下水。有的地区地下水温低、微生物活动弱，被渗进来的农药分解缓慢，如涕灭威需2～3年才降解1／2。许多国家是以地下水为主要饮用水源，对地下水中农药残留的规定很严格，如欧洲一些国家规定：单个农药不得超过O.000 1毫克／升，几种农药同时残留在地下水中的总浓度不得超过O.000 5毫克／升。

残存在土壤中的农药，还可能对后茬作物产生药害。西玛津、莠去津等均三氮苯类除草剂在玉米地如使用不当，对后茬小麦有药害；磺酰脲和咪唑啉酮类除草剂在土壤中残留时间很长，有的品种可达2～3年，若连年施用会在土壤中累积，极易对后茬敏感作物产生药害。

农药残留有两种形式，一是附着在蔬菜、水果的表面；另外一种是植物在生长过程中，农药直接进入蔬菜、水果的根茎叶中。专家推荐以下几种方法能有效去除蔬菜农药残留：
　　
　　　　浸泡水洗法：污染蔬菜的农药品种主要为有机磷类杀虫剂，有机磷杀虫剂难溶于水，此种方法仅能除去部分污染的农药。水洗是清除蔬菜水果上其他污物和去除残留农药的基础方法，主要用于叶类蔬菜，如菠菜、金针菜、韭菜、生菜、小白菜等。一般先用水冲洗掉表面污物，然后用清水浸泡，但浸泡时间不宜超过10分钟，以免表面残留农药渗入蔬菜内。 果蔬清洗剂可增加农药的溶出，所以浸泡时可加入少量果蔬清洗剂。浸泡后要用流水冲洗2-3遍。
　　
　　　　碱水浸泡法：有机磷杀虫剂在碱性环境下分解迅速，所以此方法是有效去除农药污染的措施，可用于各类蔬菜瓜果。方法是先将表面污物冲洗干净，浸泡到碱水中（一般500毫升水中加入碱面5-10克）5-15分钟，然后用清水冲洗3-5遍。
　　
　　　　去皮法：蔬菜瓜果表面农药量相对较多，所以削去皮是一种较好的去除残留农药的方法。可用于苹果、梨、猕猴桃、黄瓜、胡萝卜、冬瓜、南瓜、西葫芦、茄子、萝卜等。处理时要防止去过皮的蔬菜瓜果混放，再次污染。
　　
　　　　臭氧洗脱法：用市售的臭氧或臭氧水发生器清洗和浸泡各类瓜果蔬菜，简单易行，安全可靠，清洗和浸泡时间为 10-20分钟，一般认为可清除大部分农药残留。 但也有专家指出，目前市售大部分果蔬解毒机都是用一个活氧发生器配一根外接管子，如果技术不过关或者工作功率太小的话，可能导致产气量和臭氧浓度过低，与水混合后根本起不到杀菌作用。此外，如果机器密封性能不好的话，还可能导致臭氧外泄，对人体健康造成影响。臭氧的副作用主要在于它的强氧化能力，在浓度高于1.5ppm以上时，人员须离开现场，否则会造成呼吸系统的应激性反应，严重的会造成可逆性伤害。
　　
　　　　生物消解酶去除法：去除蔬果残留农药时，加入一个独立包装的生物消解酶于清水中，浸泡蔬果8-15分钟即可。视其情况可加大用量和延长作用时间。浸泡后要用流水冲洗2遍。
　　
　　　　储存法：农药在环境中随着时间延长能够缓慢地分解为对人体无害的物质。所以对易于保存的瓜果蔬菜可通过一定时间的存放，减少农药残留量，适用于苹果、猕猴桃、冬瓜等不易腐烂的种类，一般存放15天以上。同时建议不要立即食用新采摘的未削皮的水果。
　　
　　　　加热法：氨基甲酸酯类杀虫剂随着温度升高，分解加快。所以对一些其他方法难以处理的蔬菜瓜果可通过加热去除部分农药。常用于芹菜、菠菜、小白菜、圆白菜、青椒、菜花、豆角等。先用清水将表面污物洗净，放入沸水中2-5分钟捞出，然后用清水冲洗1-2遍。也可根据实际情况，以上几种方法联合使用会起到更好的效果