番茄芽枯病是一种高温生理障碍。因此番茄芽枯病发病的原因，首要因素是高温。今年伏天长达四十天，而且今秋“秋老虎”开始出现，导致棚里经常出现气温过高的情况，所以今年番茄芽枯病特别严重。若棚室采取的降温措施不到位，中午通风不良，棚内出现35至40℃以上的高温，就非常容易引发番茄芽枯病。另外，生理性缺硼，会加重芽枯病发病。
　　该病以防为主，一旦茎秆出现裂口非常容易继发侵染细菌性病害而出现茎秆腐烂、幼苗无头的现象。已经发病的植株只能促进其伤口愈合。
　　防治此病，首先，番茄定植后要加强通风降温。要控制棚温不可超过35℃，棚内温度过高，可用遮阳网覆盖塑料薄膜降温或泼泥浆水或泼墨汁的方法降温。其次，注意补充硼肥。缺硼会加重发病，可叶面喷洒硼砂600倍液或速乐硼1500倍液预防或缓解病情。
　　这两项措施做到位，一般番茄芽枯病发病几率较低。对于已经发病的棚室，建议：
　　要加强叶面肥的使用。发病后可叶面喷洒爱多收6000倍液或核苷酸1500倍液等，加快伤口的愈合。
　　另外，一旦发病一定要及时喷洒琥胶肥酸铜500倍液或农用链霉素2000倍液等，以防伤口感染细菌性病害。