果胶酶本质上是聚半乳糖醛酸水解酶,果胶酶水解果胶主要生成β-半乳糖醛酸。果汁中加入果胶酶主要用于果蔬汁饮料的榨汁出汁率及澄清，对分解果胶具有良好的作用。

果汁中加入果胶酶的主要作用是澄清，通过果胶酶的化学成分于果汁中的成分发生反应，加速酶化作用，使果汁澄清

为了增加果汁的得率，用果胶酶处理果浆，以分解部分可溶性的果胶。果胶酶的用量和反应时间，根据加工所使用果实的贮存期有所增减，例如所用原料是在采收后，0℃温度下，贮存了2～3个月，则按100毫克/千克的量加入果胶酶，在20～25℃温度下，反应2～3小时；所用原料贮存了4～8个月，果胶酶的用量就要增加到150毫克/千克，在同样温度下，反应4小时。酶解反应结束，加入1％～2％的纤维素粉作为压榨助剂，1小时后榨汁，以保证获得较高的果汁得率。
澄清：将压榨出来的果汁，以15～25℃温度静置过夜。在这段时间里果胶酶仍在继续作用，最初得到的混浊的果汁变成了微混浊的果汁；有澄清的作用。